日本では、敷き布団は畳の上に敷いて用いるのが伝統であったが、現代ではベッドの上に直接敷いたり、マットレスを敷いて、その上に敷く場合もある。韓国や中国の東北部ではオンドルや床暖房が用いられるので、床に布団を敷くのが伝統的であるが、ベッドを使う場合もある。

畳に敷いた布団は、毎日、就寝の前に敷き広げ、起床ののち折り畳んで収納することが慣習化されている。これを布団の上げ下ろしという。上げ下ろしすることで、部屋を広く使うことができると同時に、部屋にほこりが溜まることを防ぐことができる。布団を畳まずに敷いたままであることを、万年床（まんねんどこ）という。万年床は不精で不潔なことの代名詞になっている。

また、布団には夜間、睡眠中に人間から排出される汗のために水分がかなりたまる。そのため、時々、天気の良い日に戸外に干す必要があり、これを布団干し（ふとんぼし）と呼ぶ。このとき、布団が物干し竿から風などで落ちないように「布団ばさみ」を使って抑えておき、また、室内に取り込む前に、ほこりを落とすために「ふとんたたき」を用いて適度にはたくのが良い。しかしながら、現代では、部屋の日照や生活時間の問題、景観に関する条例などから布団を干すことができないところも多くあり、そのような場合、代わりに「布団乾燥機」を用いて水分を減らすことが行われている。

布団は長く使用していると、ダニが発生することが多い。ダニはアレルギーを引き起こす場合がある。これは特にアトピーや喘息を持つ人の場合には深刻な問題である。このような問題を防止するため、最近では、防ダニ加工や、抗菌加工が施されたアレルギー対策布団も販売されている。

ふとんのお手入れ方法は最近ではふとんを叩くことは繊維を傷め、ダニを殺す成果もなく（反対側に逃げる）そもそもふとん叩きは畳を叩くものでふとん用ではないことから、専門家はふとんを叩くことを薦めない。手でやわらかくほこりをはたき、ふとんの上から直接掃除機をかけることがほこり、ダニを吸うには効果的といわれている。最近、NHKの番組でもめん綿とポリエステル綿が掃除機をかけてほこりとダニの量が1番減ったと紹介され話題になった。このような理由から最近では羽毛ふとんなどよりも昔ながらの手作りもめん綿ふとんなどがにわかに売れてきている。

布団を保管する際や、引越の際には、布団袋（ふとんぶくろ）という大きな袋に布団一式を詰める事が行われている。

来客用の布団や、季節に合わない布団を保管するには、大きなスペースが必要となるが、押し入れに十分な空間がない場合、電気掃除機で布団内部の空気を吸い出してコンパクトにすることができる、布団圧縮袋（ふとんあっしゅくぶくろ）が用いられる場合もある。